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群体结构图形——structure堆叠图

2016/05/17 分享到： 之前基迪奥已经为大家介绍过群体结构两种图形——PCA图和系统发生树，今天我们来介绍最后一种图形——structure堆叠图。

1、structure图的由来


图1 假设群体亚群数等于3（k=3）的情况下的structure分析结果

“Structure图”名词本身来自这种图形的分析软件——STRUCTURE。这个软件是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件，最早在2000年发表在《Genetics》上[1]。


图2 structure惊人的引用次数

Structure软件分析达到的目的其实也很简单——分析群体的结构。要获知群体的结构，其实在前两篇与大家分享的两个图形也是可以解决的——PCA和树。通过树形图或PCA散点图，我们也可以直观了解个体间的分类关系（如图3）。但如果需要解答：这个群体应该分为3个亚群还是4个亚群更合理，群体间是否存在基因交流（直白的说法：是否有杂交），以及每个个体混血程度是多少？对于PCA图和树形图，这解决不了，那么这时候我们就用到了structure图。


图3 通过进化树分析群体的分类关系

2、structure图形的解读
Structure图

本文标签： 群体结构

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