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Linux安装bioconda

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简述

  1. bioconda，一个类似于360软件管家、yum、apt功能而致力于管理生物信息学相关软件的包。
  2. conda：包管理软件。
  3. miniconda：conda和python的集成环境。
  4. anaconda：conda、python、科学计算等工具的集成环境。
  5. 可以通过安装miniconda后通过更改channels来配置成bioconda。

安装

  1. 下载miniconda或anaconda；
  2. Linux下执行安装程序按照提示一路“yes”完成安装。程序会自动在用户目录（/home/xxx/）下生miniconda3目录和.condarc（利用ls -a查看）；
conda -V #查看是否安装成功
  1. 添加bioconda channels：
    源的配置(清华源)
#按顺序执行，后被执行优先调用。
site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu/anaconda
conda config --add channels ${site}/pkgs/free/
conda config --add channels ${site}/pkgs/main/
conda config --add channels ${site}/pkgs/r/
conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/
conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/

或通过修改.condarc文件来配置：

vim /home/xxx/.condarc

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu/anaconda/cloud/bioconda

Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件，可先执行

conda config --set show_channel_urls yes

生成该文件之后再修改。

使用

conda config --get channels #查看channels
conda config --show-sources # 查看源
conda config --add channels #添加channels
conda config --remove channels #删除channels
conda config --remove-key channels # 恢复conda默认的源
conda env list #查看所用以创建环境
conda create -y --name RNA #创建名为RNA环境
conda remove -n RNA --all #删除RNA环境
conda activate RNA #激活RNA环境
conda deactivate #关闭RNA环境
conda list #列举已安装的软件
conda search fastqc #查找安装包
conda install fastqc #安装fastqc，软件名=版本号 来指定版本
conda install -c bioconda -c conda-forge multiqc # 指定channels并下载
conda update fastqc #升级fastqc
conda remove fastqc #写在fastqc

conda清理垃圾

conda clean -h # 查看帮助
conda clean -a # 清楚所有缓存和垃圾包

Q&A

  1. 按照提示安装，执行conda -V 失败：
bash
conda -V
  1. 提示权限不够:
    sudo /home/xxx/miniconda3/bin/conda install software #直接运行

本文标签： Linuxbioconda

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