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写在前面

最近想写下关于单细胞的，但第一步就是安装seurat，我现在的R版本是3.6.1，我看了一下官网seurat4.0的版本是需要4.0以上的R的，所以我在试下怎么能成功

参考文献

安装RTools https://mp.weixin.qq/s?src=11&timestamp=1623218781&ver=3119&signature=L-7QyvFkRtJebmjY7wHKfBA4RKdKcziBMlhDe2JzkfwylqaR5DHHAP72EA57LthJML1CGDZdmUluIUJrCuMIH47IUHfmKzAynTrlRZ4bHDseniEITwjY0*iADiKJ&new=1

安装

1.利用devtools 指定安装版本

报错，是一些关于依赖包的错误。刚开始我以为是Rtools的问题，于是去下载了Rtools，结果发现不行呀，应该不是Rtools的问题，我再试下能不能安装成功。

install_version("Seurat", version = "3.2.2")

然后报错，显示的是

我在网上查阅，大概意思是说需要安装是指定源

尝试更新R版本

更完R版本后，发现一下子就安装成功了，天呀噜，所以我之前纠结那么长时间不更新版本应该是错的。

单细胞注释包singleR

下载成功，但是加载失败，

1.说是"S4Vectors" 没有import这个对象，我试着下载低版本的singleR发现不行，但报的错是缺少另外的依赖包，烦死了。
2.后面我决定更新S4vector包试下，看下能不能达到目标。
重新刚更新发现新的问题，提示某些包被占用更新不了。

解决了

因为当初升级R版本用的命令行，结果可能导致某些部分出了错，而我后面手动下载安装R包则解决了这个问题。

本文标签： seuratsingR

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