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2024年5月30日发(作者：)
Skyline 靶向 MS/MS (PRM)
目前，Skyline 可以支持从多种全扫描质谱仪（如离子阱和 Q-TOF 仪器）的原始数据文件中提取
基于色谱峰的定量测定的方法。与其对三重四级杆质谱仪的选择反应监测 (SRM) 的支持一样，
Skyline 将继续为原有四家质谱仪供应商的仪器提供这些新分析方法的支持：AB SCIEX、Agilent、
Thermo-Scientific 和 Waters。另外还有Bruker Q-TOF 质谱仪。Skyline对高分辨率和低分辨
率质量分析仪均适用。
在本教程中，您将学习如何使用 Skyline 分析靶向 MS/MS 数据，这种方法亦被称为平行反应监
测 (PRM)，还被称为伪 SRM 和 MRM-HR™。正如这些别名所提示的那样，靶向 MS/MS 是与三重四
级杆质谱仪的 SRM比较相似的全扫描方法：
正如 SRM 扫描母离子和子离子对并分别采集它们在一个周期中的强度，靶向 MS/MS将扫描非数
据依赖型母离子列表并采集其在一个周期中的完整 MS/MS 扫描。
Skyline 对以这种方式采集的原始数据进行提取，获得时间-强度色谱图。
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由此产生的色谱图提供的定量数据，与目前在Skyline 用户界面进行的三重四级杆SRM实验
数据类似。
当类似仪器上的时间不可选时，靶向 MS/MS 可作为三重四级杆的替代。即便如此，这种靶向
MS/MS 相比传统 SRM在选择性上有优势，并且可以进行数据库搜索，以帮助验证所提取的色谱峰。
而且，靶向 MS/MS 也可用于对各种全扫描仪器进行质量控制，即使它们主要用于数据依赖型采集
(DDA)。这一质量控制方法将会单独在其他教程中进行介绍。本教程将探讨靶向 MS/MS 在低分辨
率 Thermo LTQ 和高分辨率 Agilent Q-TOF 上进行靶向定量测定的用法。
入门指南
如要开始本教程，请下载下列 ZIP 文件：
/tutorials/TargetedMSMS_
将其中的文件解压到您的电脑文件夹，如：
C:UsersbrendanxDocuments
这将创建一个新文件夹：
C:UsersbrendanxDocumentsTargetedMSMS
其中包含本教程所需的所有文件。在 Windows Explorer 中，导航至新的“TargetedMSMS”文件
夹及其包含的子文件夹“Low Res”。双击文件“BSA_Protea_label_free_”，即可打
开其中包含低分辨率 Thermo LTQ 仪器所产生的靶向 MS/MS 数据的 Skyline 项目。
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