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染色质免疫共沉定技术,可以研究生物体内DNA与蛋白质的相互作用,首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DNA片段,将富集到的DNA片段进行上机测序,即形成了一套成熟的分析流程,称之为chip-seq, 就是将传统的chip技术和高通量测序结合起来,对应的英文如下

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing

Chip-seq技术依托于测序技术的高通量和生信分析的发展,可以在全基因组范围内分析DNA与蛋白质的相互作用,目前常用于研究转录因子,各种组蛋白修饰在基因组上的结合位点,和依托芯片的Chip-chip技术相比,chip-seq实验周期更短,更加高效,覆盖的基因组范围也更加广泛。随着测序价格的降低,chip-seq成为研究基因调控,表观修饰的利器之一。

实验流程如下所示

在整个实验流程中,核心的地方就是根据研究对象选取特异性的抗体,抗体的特异性和敏感性越高,对应DNA序列的富集效果越好,越容易检测出结合的区域。

对于chip-seq的数据分析,核心是检测富集到的DNA在基因组上的位置称之为peak, 分析的示意图如下

本文标签: 简介CHIPseq