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2021年nanopore第12期培训班(线上)开始报名。本期主题为“nanopore测序基因组拼接数据分析”。nanopore测序实时,快速,便携,长度长,高通量等诸多特点,特别适合微生物研究。在新冠病毒研究以及后续病毒溯源方面都会有重要的应用。本次培训班,我们将系统介绍纳米孔测序在基因组拼接中的应用,并新增两章新冠病毒数据分析专题。通过本次培训班你将完成以下五大主题:1、熟悉纳米孔测序;2、配置数据分析工作环境;3、纳米孔测序基因组拼接;4、新冠病毒数据分析;5、基因组序列分析。
课程特色
1、内容丰富,循序渐进,从零基础开始学习;
2、以完整项目为案例,提供超高配置服务器亲自上手操作,快速掌握技能;
3、线上教学,可以周末在家中学习,提供录屏,可供回看;
4、130多页讲义,400多张PPT,600多行案例代码提供丰富学习材料。
主讲老师
王通
曾任职于华大基因,12年以上生物信息分析经验,擅长基因组拼接,处理过细菌,真菌,宏基因组,动植物,病毒,RNAseq等各种物种基因组拼接,处理过illumina,454,pacbio等测序技术数据。nanopore测序技术专家,阅读nanopore相关文献百余篇,撰写nanopore测序技术数据分析中文专栏,已完成nanopore培训11期。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业,主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者,已制作视频600集以上。目前已在北京、上海、广州、深圳、哈尔滨、杭州、武汉、南京、长春、青岛、重庆、海口等组织42场培训班,培训经验丰富,线上线下累计学员超过6000多名。公众号“基因学苑”作者,已写作生物信息教程800多篇。
课程安排
(根据教学进度现场情况适当调整进度)
时间 | 主题 | 课程安排 |
第一天(上午) | 课程介绍 | 一、纳米孔测序技术简介 纳米孔测序技术介绍 纳米孔测序的应用 测序原理 不同测序平台比较 纳米孔测序的错误问题 二、熟悉Linux系统 登录Linux系统 传输文件 Linux基本操作 |
第一天(下午) | 安装软件 | 目录结构 编写脚本 三、利用bioconda管理生物软件 安装bioconda 纳米孔测序分析软件安装 下载练习数据 |
第二天(上午) | 纳米孔数据处理 | 四、纳米孔数据处理 fast5文件格式 利用guppy进行basecalling 拆分barcode 利用nanopplot进行数据质控 利用filtlong进行数据过滤 测序数据可视化 五、纳米孔基因组拼接 纳米孔测序基因组拼接原理 常用nanopore数据拼接软件 小基因组拼接 |
第二天(下午) | 纳米孔基因组拼接 | 动植物基因组拼接 六、拼接结果统计及评估 拼接结果统计 N50 quast组装结果评估 BUSCO评估 不同数据混合拼接 illumina测序数据拼接 方案几种拼接方案的比较 不同条件对拼接结果的影响
七、拼接结果优化 组装结果优化原理 medaka组装结果纠错 pilon组装结果纠错 racon组装结果纠错
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第三天(上午) | 新冠病毒数据分析 | 八、拼接新冠病毒基因组 拼接新冠病毒参考序列 病毒序列富集 病毒基因组拼接原理 一致性序列得到病毒基因组 ARTICNetwork工作流程
九、新冠病毒基因组分析 聚类分析 变异检测 构建系统发育树 变种病毒识别 |
第三天(下午) | 拼接结果优化及分析 | 十、序列分析 基因预测 基因功能注释 ncRNA分析 重复序列分析 结果统计 在线分析 |
报名须知
培训时间:2021年7月23日~25日 (每天上午9:00-下午5:00)
培训费用:4900元
上课方式:腾讯会议直播
付款方式
付款方式:银行对公转账
户 名:青岛同源基因科技有限责任公司
开户银行:中国建设银行青岛高新区支行
账户:37101006101052502221
也可以公务卡微信支付宝扫码支付等,会议通知等请联系工作人员。
报名方式
扫描下方二维码,添加微信报名,备注nano
常见问题
1、零基础是否可以学会?
完全没有问题,我们本次培训班会从零开始,一步步带领大家逐步熟悉nanopore测序相关的原理以及具体操作。不要害怕自己是零基础,如果不学习,永远都是零基础。
2、对计算机有要求吗?
对计算机要求不高,因为我们主要分析部分都是通过远程服务器来完成的,我们会给每个用户一个账户密码,远程登录到我们2T内存的服务器上,2T内存可以让每个用户都现场完成分析。如果有条件,我建议准备两个屏幕,一个评估观看直播,一个同步操作,这样最好。
3、Mac电脑是否可以?
苹果电脑完全没有问题,也可以远程登录服务器和传输文件,不过我们课程介绍的最后一个组间统计检验的软件stamp,该软件本身对mac系统支持不好,所以,这个软件可能用不了,其他的都没问题,不过根据我的经验,windows系统可能更方便一下,当然这个也看个人习惯。
4、如何付款?
可以对公转账,也可以支付宝微信转账。
5、上完课就能够自己做分析了吗?
可以,如果你现在手里就有纳米孔测序的数据,或者即将开始要测序,我们课上会介绍完整纳米孔数据分析流程,也都会给出案例代码,回去之后,只需要会修改文件名部分,就可以自己完成分析。
6、可以开发票吗?
可以,具体开票内容可以填写到报名回执清单里,开票内容可以在里面进行勾选。
7、需要做哪些准备?
因为我们培训以实际操作为主,有很多操作部分,这些操作都是敲代码完成,所以,最好提前熟悉Linux操作,我们会提前发送一下这方面的学习资料,希望大家提前预习,上课也会详细介绍,如果提前预习,效果会更好。
8、视频可以回看吗?
可以,直播的内容,我们会分段剪辑,然后发给大家,大家可以继续巩固学习。
最后,欢迎大家报名参加我们本次培训班。
9、课程具体时间安排?
每天上午9点正式开始,5点半结束,具体上午9点至中午12点,下午1点半至5点,然后答疑时间,平均每1小时休息10分钟答疑时间。
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