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分析模块，封装了Trinity程序包中的“align_and_estimate_abundance.pl”脚本，进行原始数据与转录本序列的比对和表达量计算。其中，核心程序为，Bowtie或Bowtie2进行原始数据与转录本序列的比对，RSEM根据比对结果进行表达量的计算。核心程序相关参数为，Bowtie：'--all --best --strata -m 300 --chunkmbs 512'。Bowtie2：'--no-mixed --no-discordant --gbar 1000 --end-to-end'。RSEM：默认参数。

分析模块，输入构建好索引的转录本参考文件(由分析模块“Build Transcript Reference Index”生成)，以及转录组测序原始数据(fastq文件)。这里，推荐测序原始数据，先通过分析模块“Trimmomatic PE/SE”进行去接头污染和质量控制。

分析模块，将转录组测序原始数据(fastq文件数据)比对回转录本参考序列，生成bam格式的比对结果文件，转录本水平表达结果文件，基因水平表达结果文件。

注：bam文件，可以利用IGV软件打开，查看比对结果。

IGV安装和使用，包含Windows桌面版和iPad版，官方网站提供了详细的文档。参考网站：(http://www.broadinstitute/igv/)。

输入测序数据分两种模式(SE/PE)：

选择Paire-End时，分析模块处理双末端测序数据，需提供2个fastq原始数据文件，分别对应左端和右端测序结果。

选择Single-Single时ÿ

本文标签： 比对方法量计算rsem

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