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2024年6月11日发(作者：)

Amber11安装及注意事项

本次安装的系统为CentOS 5.3 x64位版本，假设所有的编译器已经

装好，环境变量已经设置好（GNU）。

本次安装需要用到以下文件：

Amber11及AmberTools 1.5（Amber11需要购买，AmberTools可以到

/

2

（for AmberTools 1.5）

下载）

apply_bugfix.x（for Amber11）

2（for Amber11）

OPENMPI并行器（可以到

2

假设以上文件均位于/public/soft文件夹内，下面开始安装。安装

），并行器为openmpi 1.4.3

/下载）

使用的编译器为GNU系列（gcc/gfortran

版本。

开始：$cd /public/soft

1.$ tar xvfj 2

2.$ tar -xvf

3.$ cp apply_bugfix.x 2 ./amber11

.bashrc文件接下来我们回到用户的根目录，编辑

4.$ cd ~

$ vi .bashrc

在文件最后添加如下代码并保存：

#amber11

export AMBERHOME=/usr/local/amber11

export PATH=$PATH:/usr/local/amber11/bin

$ source .bashrc （编译.bashrc）

5.$ cd /usr/local/amber11

6.$ patch -p0 -N <

7. $ chmod 700 apply_bugfix_all.x

8. $ ./ apply_bugfix_all.x 2

AmberTools 1.5串行版安装：

9.$ cd AmberTools/src

10.$ ./configure gnu

11. $ make serial

AmberTools 1.5串行版安装完成。

测试AmberTools串行版(可Amber11及AmberTools-1.5

再测试，推荐过程中测试)：

$ cd $AMBERHOME/AmberTools/test

$ make test

设置AmberTools 1.5的环境变量：

$ vi ~/.bashrc

完全安装后

本文标签： 安装文件假设

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