admin管理员组

文章数量:1530013

contact map

蛋白质接触图使用二元二维矩阵表示三维蛋白质结构的所有可能的氨基酸残基对之间的距离。

 计算contact map

导入库

import pandas as pd
import numpy as np
from Bio import SeqIO
import matplotlib.pyplot as plt
import requests 
from sklearn.metrics import pairwise_distances
%matplotlib inline

定义坐标提取函数

def get_ca_coords(pdb='1LUC', chain='A'):
    
    url = f'https://files.rcsb/download/{pdb}.pdb'
    r = requests.get(url)
    r.raise_for_status()

本文标签： 蛋白质BiopythonmapContact

版权声明：本文标题：Biopython | 计算蛋白质的接触图(contact map) 内容由热心网友自发贡献，该文观点仅代表作者本人， 转载请联系作者并注明出处：https://m.elefans.com/dianzi/1726640004a1079537.html， 本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容，一经查实，本站将立刻删除。