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软件:meme-suit
用途:鉴定motif
目的:其实我这里主要是为了使用streme模块(因为sequence number超过50)。
办法:
1. 如果只安装meme,可以直接用conda install -c bioconda meme。
2. 如果需要所有的套件,需要手动安装:
准备好gcc 和 make
下载meme
安装
整个过程很简单,本章只讲安装,安装实际尝试顺序讲,下一章讲使用。
最后的整个过程会被去掉报错部分,调整为最直接的方案,系统整理到微信公众号:生物信息分析学习 中。
详细步骤如下:
$ wget http://meme-suite/meme-software/5.3.0/meme-5.3.0.tar.gz
$ tar zxvf meme-5.3.0.tar.gz
$ ./configure --prefix=/Yuan/app/meme --with-url="http://meme-suite"
出现报错:
$ ./configure --prefix=/Yuan/app/meme --with-url="http://meme-suite"
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... no
checking whether make supports nested variables... no
checking whether make supports nested variables... (cached) no
checking for gcc... no
checking for cc... no
checking for cl.exe... no
configure: error: in `/Yuan/soft/meme-5.3.0':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH
See `config.log' for more details
原因:全新的集群,没有gcc什么的,需要安装一下。
但是,既然万物皆可conda,看看:
果然有,直接安装:
$conda install -c bioconda meme
$ which meme
/Yuan/app/anaconda3/bin/meme
安装完成。
那我一定要编译呢?
$ gcc
Command 'gcc' not found, but can be installed with:
apt install gcc
$ apt install gcc
继续报错:
$ apt install gcc
Reading package lists... Done
Building
版权声明:本文标题:linux下使用MEME软件,从零开始学生信-meme的安装和使用 内容由热心网友自发贡献,该文观点仅代表作者本人, 转载请联系作者并注明出处:https://m.elefans.com/dianzi/1728282292a1151937.html, 本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容,一经查实,本站将立刻删除。
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