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2024年1月16日发(作者:)

nanopore三代测序的工作流程

nanopore(纳米孔)是一种第三代测序技术,能够实现快速高通量的基因组测序。与其他技术相比,nanopore测序具有高通量、长读长、易于操作和实时分析等特点。下面将介绍nanopore三代测序的工作流程。

1.样品制备:首先需要从样品中提取目标DNA或RNA。样品可以是细胞、组织、血液等,提取的过程中需要保证样品的完整性和纯度,以免影响测序结果。

2.库制备:将提取得到的DNA或RNA经过特殊的化学处理得到需测序的DNA片段。首先,DNA或RNA需要进行修饰,添加特定的适配体以提高测序的准确性。然后,将修饰后的DNA或RNA片段连接到纳米孔芯片上,形成纳米孔测序所需的测序库。

3. 测序:测序过程中,将样品注入到纳米孔芯片中,这些芯片被称为flow cells。纳米孔芯片包含了成千上万个微小的孔,每个孔内有一个锚定的DNA或RNA链。当样品通过孔道时,碱基中的核苷酸逐个与酶作用并排放出电信号。这个过程被称为电导测序,电信号的变化对应于每个碱基的序列。

4. 实时分析:nanopore测序具有实时分析的能力,意味着可以在测序过程中实时获得序列信息。基因组测序数据将通过计算机算法实时解码为DNA的序列。这种实时性使得nanopore测序可以在实验过程中及时调整实验参数,优化数据收集和改善测序准确性。

5.数据处理和基因组组装:测序完成后,需要对产生的海量数据进行处理和分析。这包括错误矫正、去除低质量序列、序列比对和测序组装等步骤。数据处理的目标是将原始读取转化为高质量的DNA序列。

在整个nanopore三代测序的工作流程中,最重要的是实时分析、数据处理和基因组组装这些后续步骤。与其他测序技术相比,nanopore能够在实时分析中快速获得序列数据,大大加快了测序的速度。然而,nanopore测序在测序准确性和读长上仍有改进的空间,数据处理和基因组组装的精度和效率也需要进一步提升。

总结起来,在nanopore三代测序的工作流程中,样品制备、库制备、实时分析和数据处理等步骤相互配合,实现了快速高通量的DNA或RNA测序,为基因组学、生物学和医学研究提供了重要的工具和数据。

本文标签: 测序序列分析