东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析

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2024年3月28日发(作者：)

东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析

中国科技论文在线 东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进

化 分析 林张翔，王营营，付菲，叶楚玉，樊龙江 5 (浙江大学农业与生物技

术

学院农学系，浙江省作物种质资源重点实验室，杭州 310058) 摘要: 叶绿体

基因

组序列对于研究植物物种的起源、 进化演变及不同物种间的亲缘关系等具 有

重要

意义。高通量测序技术的快速发展，推动了植物叶绿体基因组的测序工作。但

传统

的 叶绿体基因组测序方法需要建立在分离纯化叶绿体 DNA 的基础上，操作繁

琐，

耗时较长。为 了优化叶绿体基因组 DNA 序列的获取和拼接方法，以东乡野生

稻

(Oryza rufipogon)嫩绿10 叶为材料，不需分离叶绿体 DNA，利用高通量测序

获

得的全基因组短序列(reads)及叶绿 体基因组高度保守的特性，与参考序列进

行

比对，从而组装拼接出叶绿体 DNA 序列，并同时 利用生物信息学手段和 PCR

扩

增进行补洞。 最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列， 大 大 小为

134537bp，

(LSC) 小 、 (SSC) 单拷贝区和反向互补重复区 (IR) 大小分别为 80585bp、

12346bp 和 20803bp，共注释叶绿体基因 152 个。基于获取的东乡野生稻及

其他叶

序 列 ， 通 过 构 建 进 化 树 分 析 ， 结 果 显 示 在 禾 本 绿体基因

15 组

科 中 水 稻 与 麻 竹 ( Dendrocalamus latiflorus)和黍亚科(Panicoideae)

亲缘

关系最近，粳稻与中国普通野生稻的亲缘关系 较近，粳稻与籼稻并非同时驯

化出现。

关键词:作物遗传学;东乡野生稻;叶绿体基因组;高通量测序;嫩绿叶 中图分类

号:S511.920 Assembly and phylogenetic analysis of Dongxiang wild

rice chloroplast genome LIN Zhangxiang WANG Yingying FU Fei YE Chuyu FAN

Longjiang

Department of Agronomy College of Agriculture and Biotechnology

Zhejiang Key Laboratory25 of Crop Germplasm Zhejiang University Hangzhou

310058 China Abstract: Complete chloroplast genome sequence is very

useful for studying the evolution of species. The rapid development of

high-throughput sequencing technology promotes the plant chloroplast

genome sequencing. For traditional chloroplast genome sequencing method

it is necessary to isolate and purify the chloroplast DNA before

sequencing. Due to low concentration of chloroplast DNA it is30

difficult to separate it from nuclear genome DNA. Therefore chloroplast

DNA isolation-based method is tedious and time consuming. This study

employed a simple and rapid method for chloroplast genome sequences

acquisition without isolation of chloroplast DNA. Based on conservation

本文标签： 基因组测序拼接进化作物